La vegetación dominante es un hayedo calcícola, acompañado por un espléndido bosque de ribera. La variedad arbórea y arbustiva, así como la diversidad de la flora es muy destacable, pudiendo identificarse en un reducido espacio tilos, robles, serbales, arces, hayas, fresnos, olmos, temblones, sauces, avellanos, espinos, boj y enebros, entre otras especies.

Es destacable la comunidad de aves rupícolas, siendo fácilmente observables buitres, alimoches, halcones, cernícalos, chovas y vencejos. Abundan los paseriformes, como el mirlo cuático, los carboneros, herrerillos y pinzones. No faltan los mamíferos, como el gato montes, la garduña, el tejón o el jabalí.

En la parte superior del Nacedero se pueden ver restos megalíticos prehistóricos como el dolmen del Puerto Viejo de Baquedano y el túmulo de Surgaina. El cauce fluvial, en su tramo amescoano, permitió el funcionamiento de dos molinos harineros (Zudaire y Artaza), dos ferrerías de río (Baquedano) y una fábrica de armas (Baquedano). Actualmente el agua del Nacedero alimenta una central hidroeléctrica (Zudaire). En su margen izquierda estuvo situado el pueblo de Erdoiza, despoblado durante el siglo XIV.