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La roca caliza está formada por restos de seres vivos que vivieron en el mar que hace 65 millones de años cubría el área donde ahora se encuentra el Parque Natural. Los restos de aquellos seres: corales, crustáceos y peces, se acumularon en el fondo marino, se compactaron por la presión del agua y se transformaron en la roca caliza.

El relieve exterior e interior del Parque se encuentra configurado por las características formas del relieve kárstico: dolinas y uvalas en el exterior, simas y cavernas, estalactitas y estalagmitas en el interior, todas ellas originadas por el agua que, reacciona químicamente con la caliza disolviéndola, se introduce en su interior formando simas, galerías y cavernas y sólo sale al exterior cuando encuentra rocas impermeables como las margas, formando manantiales y nacederos. Es por ello que, en los territorios del Parque Natural, apenas se encuentra agua en superficie, sólamente algunos arroyos o barrancos.

Las tres salidas principales de los acuíferos subterráneos del Parque Natural- Nacedero del Urederra y aportan anualmente una media de 296 hectómetros cúbicos de agua, volumen suficiente para abastecer el consumo de más del 25% de la población de Navarra.