La directiva Hábitats (92/43/CEE) de la Union Europea define un marco común para la conservación de las plantas y los animales silvestres y de sus hábitat, entendidos como entornos naturales que tienen características biogeográficas y geológicas particularmente valiosas.

Entre las formaciones vegetales de las Sierras de Urbasa y Andia tienen particular interés para la Directiva los hayedos de suelos ácidos, los brezales relacionados con este tipo de bosques y los bellos pastizales de los rasos y de los roquedos.

Entre las especies de fauna, la relación a incluir en este apartado es interminable. Por mencionar algunas destacaremos, dentro del grupo de las aves carroñeras, la existencia en Urbasa y Andia de una importante población de buitre leonado así como la presencia del quebrantahuesos. Merece la pena destacar las excepcionales condiciones de las Sierras de Urbasa y Andia para los anfibios y los reptiles, es por eso que se encuentran en estas Sierras rana ágil, ranita de San Antonio, y los tres tipos de tritones existentes en Navarra: tritón alpino, tritón jaspeado, y tritón palmeado.